大模型API服务(scRNA自动注释)

大模型API服务(scRNA自动注释)#

[!NOTE]

本服务旨在提供GPT的API服务，可以用于各种支持API的软件，用户能够在不挂梯子的前提下，使用个人API和KEY进行编程调用(批量总结几千篇pdf文档，单细胞自动注释等任务)。

1.在淘宝购买需要的API，客服会给你兑换码

淘宝店铺链接：【淘宝】https://e.tb.cn/h.htKrXhJveLJwJKM?tk=C4BF49bPM2D CZ193 「数信院生信AI助手scRNA注释AI神器独享web端使用神器」 点击链接直接打开 或者 淘宝搜索直接打开

2.使用手机/平板/电脑等设备，进入数信云API服务平台

打开浏览器进入网址：https://api.sxycloud.comd

新用户首次使用需要注册账号(点击右上角Sign in)

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3.登录成功之后可以进入“操练场”，分组选择“操练场对话专用”，然后可以选择GPT5/Claude/DeepSeek等热门模型

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4.点击“钱包管理”栏，输入客服给的兑换码进行额度兑换

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5.点击“令牌管理”栏，再点击“添加令牌”，即可得到你的API-KEY

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然后“创建新的令牌”，这里的”令牌分组“一定要选”专门用于scRNA注释的API渠道“

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最后我们点击“复制”图标即可得到API-KEY：sk-xxxxxxxxx

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6.单细胞注释工具——GPTcelltype(发表在Nature Method)

具体教程请查看https://github.com/EddieLv/GPTCelltype

基于GPT4模型对scRNA分群进行自动注释(国内网络可用)

安装数信院GPT注释的两个包

install.packages("remotes")
remotes::install_github("EddieLv/apiSXY", force=T)
remotes::install_github("EddieLv/GPTCelltypeSXY", force=T)

导入安装的R包，并设置GPT令牌

# Load packages
library(GPTCelltypeSXY)
library(apiSXY)

# 'sk-XXXX'是令牌，可以找数信院客服付费领取(或淘宝搜索'数信院生信服务器'购买)
Sys.setenv(OPENAI_API_KEY = 'sk-XXXX')

使用GPT进行自动注释

# markers是一个list, 也可以是Seurat FindAllMarkers()出来的data.frame
markers <- list("C0" = c("Ager", "Hopx", "Pdpn")) # 这里的例子为了方便是一个自定义list
# model表示使用哪个大语言模型(可以是gpt4, gpt4o, gpt-4-turbo)
# tissuename表示你需要注释的组织/器官等，比如肺癌单细胞测序(scRNA data of lung cancer)、癌症类器官(organoids of cancer)等
res <- gptcelltype(markers, tissuename = "lung", model = 'gpt-4o') # 这里基于上述给定的markers对肺(lung)进行注释
res

示例过程(注意2处红线指出的地方，代表成功调用了函数)

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关于 GPTCelltypeSXY 包，这里有几个使用时的注意事项：

1.基于标记基因（Markers）注释 GPTCelltypeSXY 包是基于标记基因（Markers）来进行细胞类型注释的。

因此选择标记基因时要小心，不要提供过于冗余或重复的标记基因(特别是FindAllMarkers的结果要先进行人工过滤再投入gptcelltype模型)。冗余的标记基因可能会导致模型过拟合，影响注释的准确性。

确保标记基因的可靠性和特异性，应当尽量选择已经在文献中验证过的标记基因，并且能够明确区分不同细胞类型的基因。

精简标记基因集，提供少量但高特异性的标记基因集，能提高模型的性能，避免信息过载。

2.细胞类型库的选择 GPTCelltypeSXY 包基于特定的细胞类型数据库进行注释。

使用时要确保选择适合你的数据集的细胞类型库。例如，不同物种、组织或实验条件下，可能需要不同的标注系统。确保数据集中的细胞类型与所使用的库相匹配，以避免误注释。