R包安装的4种方式

1.从CRAN安装

install.packages("包名")

# 或直接进行指定
install.packages("https://cran.r-project.org/src/contrib/pak_0.9.0.tar.gz", repos=NULL, type="source")
# CRAN查询网站：https://search.r-project.org/

由于该网站在国外，国内连接容易网络不稳定，因此可以选择国内镜像。

数信云自建CRAN镜像使用：数信院CRAN镜像源使用

2.从Bioconductor安装

# 先下载BiocManager
install.packages(“BiocManager”)

# 然后使用BiocManager从Biocondautor库下载数据
BiocManager::install("包名"）
# Biocondautor查询网站：https://bioconductor.org/ 

数信云自建bioconductor镜像使用：数信院bioconductor镜像源使用

3.从Github安装

# 方法一：
# 使用install.packages指定github链接进行下载
install.packages("https://github.com/r-lib/devtools", repos=NULL, type="source")

# 方法二：
# 使用remotes包进行下载
install.packages("remotes")
remotes::install_github("sqjin/CellChat")
# 使用镜像加速
remotes::install_github("sqjin/CellChat"，host = "https://kgithub.com/")

# 方法三：
# 使用devtools包进行下载，使用方式与remotes相同
install.packages("devtools")
devtools::install_github("sqjin/CellChat")
# 使用镜像加速
devtools::install_github("sqjin/CellChat"，host = "https://kgithub.com/")

4.从本地安装包

有些github的R包安装总是遇到下载错误的问题，一般都是因为github连接不稳定导致的。

为了解决这个问题，可以先在个人电脑使用梯子将对应github包下载到本地，并上传到服务器进行本地安装。

# 方法一：
install.packages("devtools")
devtools::install_local(path = "/path/to/package.tar.gz", dependencies = TRUE)
devtools::install_local(path = "/path/to/package.zip", dependencies = TRUE)

# 方法二：
install.packages("remotes")
remotes::install_local(path = "/path/to/package.tar.gz", dependencies = TRUE)
remotes::install_local(path = "/path/to/package.zip", dependencies = TRUE)

还有一些R包是tar.gz或zip结尾的文件，可以使用下面的方法进行安装

install.packages("/path/to/package.tar.gz", repos = NULL, type = "source")
install.packages("/path/to/package.zip", repos = NULL, type = "source")