同时安装Seurat4/5

[!NOTE]

考虑到时效性，服务器默认安装的Seurat5，如果想要使用Seurat4，可以按照以下流程完成安装

1.首先查看当前的Seurat版本以及位置

# 查看版本
packageVersion("Seurat")
# [1] ‘5.2.1’

# 查看位置
find.package("Seurat")
# [1] "/usr/lib/R/library/Seurat"

基于上述信息，我们知道默认的Seurat是安装在/usr/lib/R/library下的，版本为5.2.1

2.指定新的安装路径安装Seurat4

为了防止Seurat包的覆盖安装，我们需要指定一个新的安装路径

# 查看当前可用的R包安装路径
> .libPaths()
# [1] "/home/XXX/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.5"
# [2] "/usr/local/lib/R/site-library"                    
# [3] "/usr/lib/R/site-library"                          
# [4] "/usr/lib/R/library"

这里我们可以选择个人的R包安装路径

.libPaths("/home/XXX/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.5")

然后开始安装Seurat4

remotes::install_version("SeuratObject", "4.1.4", repos = c("https://satijalab.r-universe.dev", getOption("repos")))
remotes::install_version("Seurat", "4.4.0", repos = c("https://satijalab.r-universe.dev", getOption("repos")))

基于上述操作，目前的Seurat信息如下

Seurat4：/home/XXX/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.5
Seurat5：/usr/lib/R/library

导入指定路径的Seurat

# 导入Seurat4
library(Seurat, lib.loc = "/home/XXX/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.5")
# 导入Seurat5
library(Seurat, lib.loc = "/usr/lib/R/library")