conda安装包遇到错误#

[!NOTE]

默认的conda官方镜像属于外网资源，服务器连接有时候不稳定

国内常用的清华conda镜像属于公共免费资源，全国有无数人同时在使用，有时候非常卡顿是很正常的

1.经典错误——没有添加指定软件源

conda 安装包时需要从某个 channel（软件源） 下载。不同 channel 维护不同类型的软件。常见的有：

defaults / anaconda 官方维护的源，包含大部分常用的 Python 包（比如 numpy、pandas 等），但生物信息学相关的软件较少。
conda-forge 社区维护的最大 channel，几乎涵盖所有科学计算相关的软件。优点是更新快、兼容性好。很多新版本的软件会优先在这里发布。比如 r-base、jupyterlab、tensorflow 等。
bioconda 专门维护生物信息学软件的 channel（依赖于 conda-forge）。里面收录了数千个常用的生信工具，比如 bwa、samtools、hisat2、salmon 等。

如图所示，该报错的原因是：gtftk包来自于bioconda，需要指定-c bioconda才可以安装成功

如何知道某个包(gtftk)来自哪个源？

登录conda库网站：https://anaconda.org/

搜索指定包：

2.经典错误——网络原因

默认情况下，conda install命令会从官方镜像源defaults进行搜索，但是很多生物信息的包都不包含在内

当我们指定了一些镜像源，比如清华的bioconda，发现也会报错，这是因为清华镜像免费给全国所有用户使用，遇到网络高峰期会很卡，导致conda下载失败

使用数行云的自建conda镜像可以超快完成conda包的安装

方式一：

# 将所有仓库如main/bioconda/conda-forge等都添加进.condarc
# 优点：安装软件不需要指定仓库，方便
# 缺点：每一次搜索安装都会按照顺序逐个搜索仓库，有时候很慢

# 终端执行以下命令
conda config --add channels http://sxygptcloud.com:6002/conda/ekernf01
conda config --add channels http://sxygptcloud.com:6002/conda/radiomics
conda config --add channels http://sxygptcloud.com:6002/conda/dacase
conda config --add channels http://sxygptcloud.com:6002/conda/pyg
conda config --add channels http://sxygptcloud.com:6002/conda/terhorst
conda config --add channels http://sxygptcloud.com:6002/conda/r
conda config --add channels http://sxygptcloud.com:6002/conda/msys2
conda config --add channels http://sxygptcloud.com:6002/conda/pytorch
conda config --add channels http://sxygptcloud.com:6002/conda/nvidia
conda config --add channels http://sxygptcloud.com:6002/conda/conda-forge
conda config --add channels http://sxygptcloud.com:6002/conda/bioconda
conda config --add channels http://sxygptcloud.com:6002/conda/free
conda config --add channels http://sxygptcloud.com:6002/conda/main
conda config --set show_channel_urls yes

# 使用格式：
conda install pytorch

方式二：

# 指定要安装的软件的仓库
# 优点：只在指定仓库搜索，速度快
# 缺点：需要人工指定仓库

# 若需要安装pytorch，原命令是conda install pytorch -c pytorch
# 使用数信云镜像的命令：
conda install -c http://sxygptcloud.com:6002/conda/pytorch pytorch

# 若需要安装pandas，原命令是conda install pandas -c conda-forge
# 使用数信云镜像的命令：
conda install -c http://sxygptcloud.com:6002/conda/conda-forge pandas

温馨提示：目前数信云自建conda镜像仅限服务器用户使用